Nació en Verdú, España, el 26 de junio de 1580.
Pedro Claver y Juana Corberó, campesinos catalanes, tuvieron seis hijos, pero solo sobrevivieron Juan, el mayor, y los dos más pequeños, Pedro e Isabel. El padre apenas podía firmar su nombre, pero era un hombre trabajador y buen cristiano. La infancia de Pedro quedó oculta para la historia como la de tantos santos, incluso la de Nuestro Señor. Trabajaba en el campo con su familia.
Pedro se graduó de la Universidad de Barcelona. A los 19 años decide ser Jesuita e ingresa en Tarragona. Mientras estudiaba filosofía en Mallorca en 1605 se encuentra con San Alonso Rodriguez, portero del colegio. Fue providencial. San Alonso recibió por inspiración de Dios conocimiento de la futura misión del joven Pedro y desde entonces no paró de animarlo a ir a evangelizar lo territorios españoles en América.
Pedro creyó en esta inspiración y con gran fe y el beneplácito de sus superiores se embarcó hacia la Nueva Granada en 1610. Debía estudiar su teología en Santa Fe de Bogotá. Allí estuvo dos años, uno en Tunja y luego es enviado a Cartagena, en lo que hoy es la costa de Colombia. En Cartagena es ordenado sacerdote el 20 de marzo de 1616.
